这些寡核苷酸序列作为单细胞转录组和蛋白组测序文库的分析数据,用于鉴别不同PBMC细胞表面蛋白以及膜表面蛋白定量的测定,帮助我们了解生物过程中蛋白质的变化和调控机制。蛋白定量,在疾病研究领域可用于检测和监测疾病标志物的变化,帮助早期发现疾病、确定疾病类型和评估治疗效果,也可以为药物研发和治疗策略的优化提供重要依据,进而为个体化医学提供精准的诊断和治疗方案。
1.数据采集:单细胞蛋白组学建库会捕获大量的细胞,将细胞悬液和建库试剂加入微流控芯片,进行上机,将单个细胞带有的条形码和引物的凝胶珠包裹到微液滴中,完成单个细胞mRNA捕获以及抗体上所携带的抗体寡核苷酸序列的捕获。 2.数据检测:通过PCR扩增,加上测序接头,对由mRNA反转录而形成的cDNA文库与“表面蛋白”文库进行构建,采用测序仪进行便合成边测序获取FASTQ数据。 3.数据处理:对测序数据的基因序列与抗体标签序列进行比对,通过hamming distance容错校正,错配碱基数设置为1bp,15个碱基上最多容许1个碱基的错误,校正后,得到每个细胞内PBMC细胞相关marker基因(例如IL7R,CCR7,CD14等数据列)和膜表面蛋白(例如adt-CD11c, adt-CD137等以"adt-"为前缀的数据列)的表达量。
| 字段名 | 类型 | 描述 |
|---|---|---|
cell_ID |
-- | -- |
nCount_RNA |
-- | -- |
IL7R |
-- | -- |
CCR7 |
-- | -- |
CD14 |
-- | -- |
| fieldName | exampleValue |
|---|---|
| cell_ID | 2 |
| nCount_RNA | 10 |
| IL7R | 1 |
curl -H "Authorization: Bearer YOUR_API_KEY" \
http://localhost:3001/api/v1/datasets/30740