制药、化妆品、食品、环境、临床领域发现的微生物经过16S rDNA序列测序后,利用获得的16S rDNA序列通过和本参考数据库序列联配进行细菌种属水平鉴定,以实现污染菌调查、监控、菌种资源的初步筛选,质控菌的确认等目的。
微数通过查阅细菌合格发表文献、伯杰氏手册从公共数据库筛选合格发表的物种及代表菌株的16S rDNA序列,并通过进化分析、完整度检查(完整度大于70%)和质量检查(兼并碱基小于2%),建立高质量的16S rDNA数据库,并通过第三方训练的数据库进行比较分、阳性样本序列进行数据库的确认,最终建立高质量16S rDNA数据库,N碱基大于等于10比例低至0.7%以下,小于1100bp区域的不完整序列低至2%以下,优于目前的公开数据库。
| 字段名 | 类型 | 描述 |
|---|---|---|
DMid |
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分子类型 |
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拼接状态 |
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物种名称 |
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菌株号 |
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| fieldName | exampleValue |
|---|---|
| DMid | DMSXSWHL0289766 |
| 分子类型 | DNA |
| 拼接状态 | part |
curl -H "Authorization: Bearer YOUR_API_KEY" \
http://localhost:3001/api/v1/datasets/33378