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数据集 杭州微数生物科技有限公司

制药、化妆品、食品、环境、临床领域细菌基因组参考序列数据

价格待定
数据描述

细菌物种鉴定的金标准是DNA:DNA杂交,随着于下一代测序技术的发展,越来越多的细菌基因组已经在公共数据库中可用,基于整个基因组的平均核苷酸同源性(ANI)等算法可以取代目前的细菌物种划分的实验金标准。本数据库可应用于细菌基因组的精准鉴定、菌相关产品质量控制、菌株资源挖掘和感染疾病诊断等。

算法/方法论

从NCBI收集细菌基因组组装数据,并根据文献调查合格发表情况确定合格发表物种和代表性菌株,根据基因组质量(污染率小于5%,完整度大于90%),通过进化分析去除分类错误菌株,并更正名称和ICNP同步,建立了一个高质量细菌模式菌株基因组数据库。

字段定义
字段名 类型 描述
ACCID -- --
物种名称 -- --
菌株号 -- --
分子类型 -- --
拼接状态 -- --
样本数据
fieldName exampleValue
ACCID GCA_000005845.2
物种名称 Escherichia coli
菌株号 str. K-12 substr. MG1655
调用API获取完整数据
基本信息
数据格式
--
数据类型
--
记录数量
19243
所属行业
科学研究和技术服务业
登记企业
杭州微数生物科技有限公司
V6 评分明细
描述质量 0.0 / 20
结构规范 0.0 / 20
规模时效 0.0 / 15
安全合规 0.0 / 20
认证标注 0.0 / 15
商业价值 0.0 / 10
API 调用示例
curl -H "Authorization: Bearer YOUR_API_KEY" \
  http://localhost:3001/api/v1/datasets/33381
认证信息
证书编号
20240433000001671
登记编号
SZ2024320001671.6