细菌物种鉴定的金标准是DNA:DNA杂交,随着于下一代测序技术的发展,越来越多的细菌基因组已经在公共数据库中可用,基于整个基因组的平均核苷酸同源性(ANI)等算法可以取代目前的细菌物种划分的实验金标准。本数据库可应用于细菌基因组的精准鉴定、菌相关产品质量控制、菌株资源挖掘和感染疾病诊断等。
从NCBI收集细菌基因组组装数据,并根据文献调查合格发表情况确定合格发表物种和代表性菌株,根据基因组质量(污染率小于5%,完整度大于90%),通过进化分析去除分类错误菌株,并更正名称和ICNP同步,建立了一个高质量细菌模式菌株基因组数据库。
| 字段名 | 类型 | 描述 |
|---|---|---|
ACCID |
-- | -- |
物种名称 |
-- | -- |
菌株号 |
-- | -- |
分子类型 |
-- | -- |
拼接状态 |
-- | -- |
| fieldName | exampleValue |
|---|---|
| ACCID | GCA_000005845.2 |
| 物种名称 | Escherichia coli |
| 菌株号 | str. K-12 substr. MG1655 |
curl -H "Authorization: Bearer YOUR_API_KEY" \
http://localhost:3001/api/v1/datasets/33381