制药、化妆品、食品、环境、临床领域发现的真菌经过ITS序列测序后,利用获得的ITS序列通过和本参考数据库序列联配进行真菌种属水平鉴定,以实现污染菌调查、监控、菌种资源的初步筛选,质控菌的确认等目的。
微数通过查阅真菌根据ICN发表的的物种及代表菌株清单,通过匹配NCBI nucleotide数据库,并通过进化分析、完整度检查(即包含ITS1和5.8S rRNA基因以及ITS2区域)清洗不合格序列,并通过第三方训练的数据库进行比较、阳性样本序列分析进行数据库的确认。
| 字段名 | 类型 | 描述 |
|---|---|---|
DMid |
-- | -- |
分子类型 |
-- | -- |
拼接状态 |
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物种名称 |
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菌株号 |
-- | -- |
| fieldName | exampleValue |
|---|---|
| DMid | DMITSWHL0461320 |
| 分子类型 | DNA |
| 拼接状态 | complete |
curl -H "Authorization: Bearer YOUR_API_KEY" \
http://localhost:3001/api/v1/datasets/33382